116号文第四条规定：“企业从事《国家重点支持的高新技术领域》和国家发展改革委员会等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南（2007年度）》规定项目的研究开发活动，其在一个纳税年度中实际发生的下列费用支出，允许在计算应纳税所得额时按照规定实行加计扣除：
（一）新产品设计费、新工艺规程制定费以及与研发活动直接相关的技术图书资料费、资料翻译费。 （二）从事研发活动直接消耗的材料、燃料和动力费用。（三）在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴。（四）专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费。（五）专门用于研发活动的软件、专利权、非专利技术等无形资产的摊销费用。（六）专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费。（七）勘探开发技术的现场试验费。（八）研发成果的论证、评审、验收费用。”尽管116号文作了八个方面的具体规定，但企业在日常涉税处理实务中往往还会出现一些无法正确判断是否可以加计扣除的开发费用，如对一些与八项费用相关或相似，或从会计核算角度应该作为研究开发费归集，但又不属于八项费用范围的究竟是否可以加计扣除的问题。为此，笔者对容易产生疑问但不可以加计扣除的四个方面的具体费用分析如下。
依据116号文，“在职直接从事研发活动人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴”可以加计扣除，因此，企业为在职直接从事研发活动人员列支或缴纳的虽与工资额密切相关的费用，如职工福利费、职工教育经费、工会经费、养老保险费、医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和住房公积金等“三费、五险、一金”均不可以加计扣除。另外，由于116号文规定必须是“在职直接从事研发活动人员”，所以，即使是直接从事研发活动的，但属于非在职的临时外聘研发人员，或者是为研究开发活动提供直接管理和服务的人员，这部分人员的工资、薪金、奖金、津贴、补贴等也不可以加计扣除。
由于116号文规定“专门用于研发活动的仪器、设备的折旧费或租赁费”可以加计扣除，所以，一方面，即使是企业用于研发活动的仪器、设备，但用于这些仪器、设备运行的维护、维修、改建、改装等费用（包括期间费用和资本化费用）不可以加计扣除；另一方面，企业用于研发活动的非仪器、设备类的其他固定资产的折旧费、租赁费，以及发生的维护、维修、改建、改装等费用（包括期间费用和资本化费用）也不可以加计扣除，如用于研发活动的房屋、建筑物及汽车等交通运输工具；此外，既用于研发活动又用于一般生产的仪器、设备的折旧费和租赁费以及发生的维护、维修、改建、改装等费用，因并非专用也不可加计扣除。
116号文规定：“专门用于中间试验和产品试制的模具、工艺装备开发及制造费”可以加计扣除，所以，企业用于中间试验和产品试制设备的调整及检验费，样品、样机及一般测试手段购置费，试制产品的检验费等不可以加计扣除。依据116号文，“研发成果的论证、评审、验收费用”可以加计扣除，所以，研发成果的评估以及知识产权的申请费、注册费、代理费等费用不可以加计扣除。
另外，由于116号文没有规定与研发活动直接相关的其他费用可以加计扣除，所以，企业发生的与研发活动虽有直接关系的一些其他费用也不可以加计扣除，如会议费、差旅费、办公费、通讯费、外事费、研发人员培训费、培养费、专家咨询费、高新科技研发保险费用等。
但必须注意的是，对企业研发活动依法取得知识产权后，在境内外发生的知识产权维护费、诉讼费、代理费、“打假”及其他相关费用的支出，应从管理费用中据实列支，不应归集为研究开发费用，也不可以加计扣除。
116号文第八条规定：“法律、行政法规和国家税务总局规定不允许企业所得税税前扣除的费用和支出项目，均不允许计入研究开发费用。”所以，企业发生的即使按照《企业会计准则》或《企业会计制度》规定可以列入成本或费用，但按照税法规定不可以在所得税税前扣除的成本、费用，均不可以按照研究开发费实行加计扣除。如企业为研究开发支付的新产品设计费、新工艺规程制定费或资料翻译费等因没有合规票据而不可以税前扣除的部分；又如，因发放给研发人员的工资、薪金未依法履行代扣代缴个人所得税的义务而不可以税前扣除的部分。